מעט מאוד ידוע על חייו האישיים של ערפאת. במשך עשרות שנים סירב ערפאת להתחתן בטענה שהוא "נשוי למהפכה הפלסטינית". לפי שמועות שונות היו לו יחסים עם מזכירותיו. שמועות אחרות טענו שקיים יחסי מין הומוסקסואלים (המקור העיקרי לשמועות אלה הינו ספרו של יון פאצ'פה "אופקים אדומים"). בשנת 1990 התחתן עם סוהא טוויל, בת למשפחה פלסטינית נוצרית ידועה, וזו התאסלמה למענו. בחתונתם היה ערפאת בן 61 ואילו סוהא הייתה בת 27. לשניים נולדה ב-24 ביולי 1995 בת בשם זהווא, על שם אמו של ערפאת שמתה בהיותו בן שלוש. זהווא נולדה בפריז, העיר החביבה על אמה, הרחק מהעם הפלסטיני ותלאותיו. תקופה מסוימת התגוררו סוהא ובתה בעזה, אך בתחילת 2001 חזרו לפריז.מצורף לינק:
http://he.wikipedia.org/wiki/%D7%A2%D7%A8%D7%A4%D7%90%D7%AA
כנראה בגלל זה הוא מת מאיידס