תקציב בית הנשיא ולשכתו עמד בשנת 2012 על סכום של 62.7 מיליון שקל - הגבוה ביותר מאז קום המדינה. מנתונים שפורסמו באתרי משרד האוצר ופורטל השירותים והמידע הממשלתי, עולה כי בשנת 2011 הסכום עמד על 42.5 מיליון ובשנה שקדמה לה 38.6 מיליון - לעומת 21.4 מיליון בשנת 2000, כשעזר ויצמן ומשה קצב כיהנו בתפקיד.

ההוצאות בבית הנשיא בשנת 2012 היו חריגות בשל עבודות השיפוצים הנרחבות במשכן, עקב קריסת התשתיות בחורף 2011. העבודות , שעלותן נאמדת בכשבעה מיליון שקלים, כללו טיפול בתשתיות חשמל, ביוב, מים ומיזוג אוויר, וכללו שיפוצים שלא בוצעו במשך כמה עשורים.

סעיף הטיסות לחו"ל בשנה החולפת עמד על כ-4,664,000 שקל , ובסך הכל הוציא בית הנשיא על טיסות לחו"ל בין השנים 2009 ל-2012 סכום של 21,597,000 מיליון שקל.

תקציב האמרכלות של בית הנשיא עמד על 41.283 מיליון שקל, כשני שלישים מסך כל התקציב, וכלל העסקת מאבטחים, תפעול, אמצעי ביטחון, החזר הוצאות רכב, שירותי כח אדם ועוד. עלות השכר של שמעון פרס הסתכמה בכ-696,000 שקל , ומוסד הנשיאות החזיק לשכות עבור הנשיא לשעבר יצחק נבון, היחיד מבין הנשיאים הקודמים שעודנו בחיים ולא הורשע בפלילים, ורעיות נשיאים לשעבר.

לשכתו של הנשיא לשעבר משה קצב זכתה לתקצוב של 256 אלף שקל, שנפסק לאחר שבית המשפט העליון דחה את הערעור על הרשעתו באונס.

תספורת על חשבון הנשיא
על רקע הביקורת על ההוצאות החריגות במעון ראש הממשלה, בבית הנשיא הסכומים נמוכים יחסית: תקציב רכישת המזון, שכלל אירוח אישים ומשלחות, הסתכם ב-220 אלף שקל, והוצאות הנשיא בגין פעילויות מחוץ למשרד הסתכמו ב-81,458 שקל . פרס קיבל החזר על "ביגוד והופעה ייצוגית" בסך של 44,935 שקל - לא כולל הוצאות תספורת, ששולמו מכיסו - אך לא השתמש בתקציב המדינה להחזקת דירתו הפרטית.

"ביקור בוויאטנם"
מבית הנשיא נמסר בתגובה: "הגידול בהוצאות נובע לבד מעבודות השיפוץ הנרחבות, וגם מגידול משמעותי בהיקף הפעילות של נשיא המדינה לעומת קודמיו. פרס הגדיל דרמטית את האירועים בהשתתפות קהל כמו למשל אירועי יום העצמאות, טקס הענקת אות למתנדבים, יום ההצדעה למילואים ואירועים אחרים בהם משתתפים אלפים. כמו כן, אירח הנשיא שורה ארוכה של ראשי מדינות, וכל אירוח כזה עולה למדינה מיליוני שקלים.

"תקציב הטיסות כולל נסיעות מדיניות בעלות חשיבות מהמעלה הראשונה, כמו ביקור בוויטנאם ובדרום קוריאה, פגישה עם האפיפיור החדש ועוד. למעלה ממחצית ההוצאות של הנסיעות הן הוצאות ביטחון נלוות". בבית הנשיא הוסיפו כי תקציב המוסד בשנת 2000 עמד על 30 מיליון שקל.