בית הדין של האו''ם אמור להכריע בבקשתה של ניקרגואה נגד הסיוע הגרמני לישראל  

ב-22 באוגוסט 1978, הסתערו 25 סנדיניסטים על ארמון הנשיאות ולקחו כ-2,000 עובדים ממשלתיים כבני ערובה. שוב דרשו החוטפים סכומי עתק, שחרור 59 מחבריהם ומעבר בטוח, לפנמה, ודרישותיהם נענו. ב-8 בספטמבר פתחו הסנדיניסטים במתקפה מתואמת בחמש ערים שונות. סומוסה הפעיל את חיל האוויר כנגד מרכזי המרידה ובמבצע טיהור דקדקני מצד הצבא נהרגו כ-5,000 איש. ניקרגואה הייתה על סיפה של מלחמת אזרחים.

ביוני 1979 קראה החזית לשביתה כללית שהחלה ב-8 ביוני. קרבות רחוב במנגואה נמשכו כחודש ימים. סומוסה נסוג לבונקר שבארמונו והורה על מתקפה אווירית וארטילרית ללא כל התייחסות לחיי אזרחים. המתקפה האכזרית הרסה את העיר כמעט עד ליסוד. ב-16 ביולי 1979 הסכים סומוסה להתפטר ולצאת לגלות, ולמחרת היום עזב את ניקרגואה. ב-18 ביולי נכנסו הסנדיניסטים המנצחים בשערי מנגואה והקימו ממשלה זמנית.

זמן קצר לאחר הקמתה נטתה הממשלה הזמנית לשמאל הקיצוני, ותומכיה המתונים נטשו אותה. קובה הקומוניסטית הפכה לבעלת בריתה הקרובה. עד לסוף שנת 1979 הלאימה הממשלה כחמישית מכלל השטחים הראויים לעיבוד, שרובם היו בבעלות משפחת סומוסה ובעלי בריתם. לשמרנים המודאגים מבית הצטרפה ארצות הברית: הנשיא רונלד רייגן פעל נגד הסנדיניסטים, כדי למנוע מברית המועצות הקמת ראש גשר קומוניסטי במרכז אמריקה. להגשמת מטרה זו עזרה ארצות הברית לממן את לוחמי הגרילה הקונטראס שהורכבו מתומכי השלטון לשעבר ומשכירי חרב שלחמו כנגד הממשלה הסנדיניסטית. לוחמי הגרילה מומנו במשותף על ידי ארצות הברית וישראל (פרשת איראן-קונטראס). מלחמת האזרחים גבתה קורבנות רבים משני הצדדים.

על אף האיום המתמיד על יציבות המשטר הצליחו הסנדיניסטים לשפר את איכות החיים במדינה, מגמה שבאה לידי ביטוי, למשל, בעליית אחוז יודעי הקרוא וכתוב במדינה, וכן עלייה בתוחלת החיים. בשנת 1984 קיימה הממשלה הזמנית בחירות חופשיות בליווי משקיפים בינלאומיים, כפי שהבטיחה, ומועמד המפלגה, דניאל אורטגה (Ortega), זכה ל-67% מקולות הבוחרים. חלק ממפלגות האופוזיציה החרימו את הבחירות. שנתיים לאחר מכן, בשנת 1986, הצליחו הסנדיניסטים להדוף את צבא מתנגדי השלטון.

אולם הצלחה צבאית ופוליטית זו לא השיבה את המתונים לחיק המשטר המרקסיסטי. כלכלת המדינה הייתה בכי רע, ובשנת 1988 הגיעה האינפלציה לכדי 14,000%, מה שפגע בעיקר במעמד הפועלים. סופת הוריקן פגעה בניקרגואה והקשתה על מאמצי ההתאוששות, וכך גם עלויות המלחמה שניהלה ניקרגואה מזה כמחצית העשור. האמברגו האמריקאי הקשה גם הוא על היחלצות מהמצב. הממשלה המרקסיסטית התייחסה בנאיביות מסוימת לשאלה האתנית במדינה, בצפותה כי האינדיאנים ייטמעו לתוך החברה הסוציאליסטית, כפי שקבעה הדוקטרינה האירופוצנטרית. אולם מאמצי המודרניזציה הכפויים של הממשלה כלפי בני המיסקיטו (Miskito) הביאו להגירה של כ-15,000 מבניהם להונדורס הסמוכה, ורבים מהם הצטרפו לכוחות שלחמו כנגד המשטר.

בבחירות שהתקיימו בשנת 1990 הפסידה החזית, ומועמדת האופוזיציה, וויולטה צ'מורו (אלמנתו של פדרו חואקין צ'מורו) זכתה ב-54% מהקולות. על אף כוחם הצבאי קיבלו דניאל אורטגה והסנדיניסטים את תוצאות הבחירות. המהפכה הסנדיניסטית באה על סיומה. המדינה נכנסה לשנות התשעים בניסיון לייצב שיטת משטר דמוקרטית ולהביא לסיום את הסכסוך הפנימי האלים בתוכה.

בבחירות שהתקיימו בשנת 2007, דניאל אורטגה חזר לשלטון.

במהלך 2017, התרחשו הפגנות נרחבות ואלימות נגד ממשלתו של הנשיא דניאל אורטגה, כתוצאה מהפגנות אלו, נהרגו כ-300 אנשים וכ-500 אנשים נכלאו. כ-60,000 אזרחים נמלטו מהמדינה בחשש מצעדי השלטונות.